SMK Guar Chempedak ditubuhkan pada tahun 1968. Oleh kerana tiada bangunan sendiri maka terpaksa ditumpangkan di bangunan SRJK ( C ) Yang Kao, Guar Chempedak dan Madrasah Akhlak Islamiah, Guar Chempedak, Kedah. Bilangan pelajar ialah 288 orang dan guru seramai 11 orang. Pada tahun 1969, bangunan baru sekolah mula dibina. Pada masa yang sama, bilangan pelajar telah meningkat kepada 471 orang. Untuk menampung bilangan pelajar yang meningkat ini, pelajar-pelajar terpaksa ditumpangi buat sementara waktu di Sekolah Kebangsaan Guar Chempedak, Sekolah Kebangsaan Padang Lumat dan SRJK ( C ) Pei Eng, Teroi, Yan Kedah.
Buat kali pertamanya pada tahun 1970, pelajar tingkatan menduduki peperiksaan SRP/LCE. Semua pelajar ini menduduki peperiksaan tersebut di Sekolah Menengah Kebangsaan Gurun, Kedah. Pada bulan Ogos 1970 bangunan sekolah yang mengandungi 11 bilik darjah telah siap dibina dan menjelang tahun 1971 susunan bilik darjah adalah teratur. Sukan tahunan secara rasmi telah diadakan pada 23.03.1973. Bangunan sekolah ini dirasmikan oleh Yang Berhormat Tuan Haji Salleh bin Jafaruddin, Timbalan Menteri Pelajaran Malaysia pada 23 Mac 1978 bersamaan dengan 14hb Rabiul Akhir 1398.
Perkembangan sekolah lebih ketara lagi pada tahun 1980, bilangan pelajar kian bertambah. Cawangan di Sekolah Kebangsaan Pokok Tai dibuka pada tahun 1982 dan di Sekolah Kebangsaan Ulu Sedaka pada tahun 1982.
Buat kali pertamanya tahun 1984, sekolah ini membuka kelas Tingkatan 6 iaitu 2 kelas Tingkatan 6 Rendah Sastera dengan jumlah pelajar 93 orang. Dan pada tahun itu juga Sekolah Menengah Batu 17 dibuka dan kedua-dua cawangan ditutup.
Dalam perkembangan seterusnya, sekolah ini mendapat 2 bangunan baru satu tingkat iaitu sebuah bangunan yang mengandungi 6 bilik darjah untuk kelas tingkatan 6 dan satu bangunan lagi ialah makmal sains yang mengandungi 3 bilik makmal siap dibina. Menjelang tahun 1984 sebuah surau telah dibina dan pada akhir tahun ini juga surau tersebut boleh digunakan. Pada tahun 1991 sebuah bangunan asrama yang boleh menempatkan seramai 150 pelajar telah siap dibina dan pada bulan Mei 1991 asrama ini dibuka untuk diduduki. Pada akhir tahun 1991, sebuah padang permainan serbaguna telah siap dibina. Di atas padang ini terdapat 3 gelanggang Sepak Takraw dan 2 gelanggang Bola Tampar. Pada tahun 1992 sebuah gelanggang tenis siap dibina. Penghujung tahun 1993 beberapa projek pembangunan sekolah dalam pembinaan, antaranya ialah 2 unit rumah guru dan 1 blok mengandungi 10 bilik darjah.
Pada tahun 2001, makmal komputer telah dibina dengan 2 bilik dan dinamakan bilik Bestari 1 dan Bestari 2 untuk pembelajaran pelajar di SMKGC yang berjumlah setakat tahun ini seramai 2012 orang pelajar. Kerajaan telah menyediakan sebanyak 42 buah komputer meja untuk kegunaan pelajar-pelajar. Makmal Komputer tersebut telah dirasmikan oleh Pegawai Pelajaran Daerah Kuala Muda / Yan iaitu Encik Khalid bin Dan pada 31 Julai 2002 bersamaan dengan 20 Jamadilawal 1423. Makmal ini mula digunakan pada 24 Jun 2002.
Selama 50 Tahun, SMKGC Telah Ditadbir Oleh 13 Pengetua Iaitu :
1.
En. S. Nagaratnam
2.
En. Mohd Ali Hamzah
3.
En. Abdul Rahim A. Rahman
4.
En. Ahmad Mokhtar Hj Abdullah
5.
En. Hamdan Mohd Salleh
6.
En. Kassim Saad
7.
En. Che Din Arshad
8. Puan Esah binti Daton Sham
9. En. Zapor Zainordin
10. En. Ramli Salleh
11. Tn. Hj Ghazali Saad (2009 - Jan 2012)
12. Pn Fatimah Hani Bt Said (Ogos 2012 - Dis 2014)
13. En. Hashim Bin Ismail (Dis 2014 - Dis 2018)
14. En Ahmad Nasir Bin Jamaluddin (Dis 2018 - kini)
